3 października 1947 r. odbyło się posiedzenie „Rady Gospodarczej i Rady Nauczycielskiej Szkoły Biblijnej w Warszawie”. J Mrózek tak wspominał powstanie Szkoły Biblijnej ZKE: „Gdy w jesieni ubiegłego roku usłyszałem, że powstał plan uruchomienia w Warszawie Szkoły Biblijnej, zdawało mi się, że plan ten rychło upadnie. Na polu życia duchowego jest przecież tyle pilniejszych i ważniejszych zadań, którym nie możemy nawet w części sprostać, że sprawa Szkoły Biblijnej, zdawałoby się, z konieczności zejdzie na plan dalszy. Wbrew tym przypuszczeniom jednak Szkoła Biblijna powstała. Jej otwarcie nastąpiło 18 stycznia br.” Głównym założeniem Szkoły Biblijnej było „przyjmowanie jedynie nawróconych braci, będących członkami jednego z biblijnych Zborów i mającego skierowanie do Szkoły. Szkoła, aczkolwiek uruchomiona przy Zjednoczonym Kościele Ewangelicznym, nosi charakter międzywznaniowy, ma bowiem za zadanie wychowywać, pogłębiać duchowo i kształcić pracowników misyjnych wskazujących drogę do Chrystusa, a nie do jakiegoś Kościoła. Na pierwszym kursie, jaki się odbył w miesiącach od stycznia do czerwca było 14 stałych słuchaczy, więcej internat nie jest w stanie pomieścić. Kto nie jest stałym słuchaczem, ma wolny dostęp do wykładów jako wolny słuchacz. Z prawa tego korzystały także siostry słuchające wykładów o psychologii dziecka. Na pierwszym kursie wykładało 8 stałych wykładowców (w tym pięciu z wyższym wykształceniem), a oprócz tego kilku braci wygłosiło po kilka wykładów na tematy specjalne. Taka wielka ilość wykładających w Szkole, wnosi wielką różnorodność zarówno pod względem duchowym jak i intelektualnym. Najwięcej czasu i uwagi poświęcono nauce o Biblii i dogmatyce. Myliłby się, kto by sądził, że Szkoła Biblijna to instytucja, w której wszyscy w ciszy, w skupieniu i powadze oddają się tylko duchowym rozmyślaniom. Na zewnątrz przejawia się to najwięcej w muzyce. Każdy słuchacz zaznajamia się z nutami, uczy się solfeżu i podstawowych zasad muzyki, ponadto uczestniczy w chórach miejscowych zborów. Prócz wykładów związanych ściśle z pracą zborową i misyjną (wśród dzieci i młodzieży, starszych, w chórze itd.) odbywały się w szkole także wykłady ogólnokształcące. Obraz szkoły Biblijnej nie byłby zupełny, gdyby pominęło się takie fakty jak to, że w ramach Szkoły odbywają się codziennie rano nabożeństwa, na których służą kolejno wszyscy bracia.
Następny kurs rozpoczął się 21 listopada 1948 r. i trwał do kwietnia 1949 r., z udziałem 10 stałych i kilku wolnych słuchaczy. Kierownikiem był J Mrózek jun., a stałymi wykładowcami: J. Mrózek, sen., który wykładał dogmatykę, L. Szenderowski (homiletyka), G. Stephan (historia Kościoła), Maria Selmowicz (prowadziła zajęcia na temat pracy wśród dzieci), B. Stawiński (muzyka), J. Mrózek jun. (nauka o Biblii). Wykłady zlecone prowadzili: S. Krakiewicz, Z. Repsz, J Selmowicz, ks. dr Jan Szeruda z Kościoła ewangelicko-augsburskiego i K. Sniegoń. W tym okresie J. Mrózek jun. zorganizował tylko dwa kursy stacjonarne. W 1950 r. nastąpiły aresztowania duchownych Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego. W późniejszym okresie nie było możliwości lokalowych (lokal przy ul. Poznańskiej w Warszawie zabrały władze administracyjne) i przede wszystkim woli zorganizowania Szkoły Biblijnej. Na dalszym funkcjonowaniu Szkoły Biblijnej w Prezydium Rady Kościoła, zależało tylko J. Mrózkowi. Jednym z głównych zadań Kościoła – jak mówiło ówczesne kierownictwo ZKE – jest przygotowanie do pracy nowych pracowników i dokształcanie już pracujących. Ograniczono się do organizowania kursów jednotygodniowych lub kilkudniowych, przeznaczonych dla pracowników W czasie tych krótkich kursów omawiano następujące tematy duszpasterstwo, Duch Święty (1963 r.), życie rodzinne, nauka o Kościele (1964 r.), eschatologia, Listy św Jana (1965 r.), soteriologia, nauka o aniołach (1966 r.), karność w Kościele, życiorysy wielkich Bożych ludzi z historii Kościoła (1967 r.).
Kursy biblijne kilkudniowe organizowano w różnych punktach w kraju, m.in. w Warszawie (najczęściej w ostatnim tygodniu listopada), Legnicy, Czarnej Średniej, Bielsku-Białej, Wiśle-Malince, Koszalinie, Słupsku. Pod koniec lat sześćdziesiątych, J. Mrózek jun. i absolwenci Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej, m.in. M. Kwiecień i E. Czajko, organizowali kursy kilkudniowe, przeznaczone dla pracowników poszczególnych okręgów. Dopiero w marcu 1968 r. odbył się 4-tygodniowy kurs w Warszawie, w którym uczestniczyło prawie 20 słuchaczy Wykładano przedmioty biblijno-teologiczne, jak dogmatyka, biblistyka (Stary i Nowy Testament), duszpasterstwo, historia Kościoła i inne. Wykłady prowadzili członkowie Rady Kościoła oraz absolwenci Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej. Kurs odbył się pod kierunkiem E. Czajko. Wznowienie, po kilkuletniej przerwie, działalności Szkoły Biblijnej nastąpiło dopiero w 1972 r. „Z dniem 1 stycznia 1972 r. powołano na Kierownika Szkoły Biblijnej w Warszawie brata Mieczysława Kwietnia, który przedstawił projekt programu pracy Szkoły Biblijnej. Projekt został przyjęty przez Radę do zatwierdzającej wiadomości”. W projekcie tym czytamy m.in.: „Uchwała Rady Kościoła z dnia 17 1 1960 r., dotycząca podjęcia budowy Domu Kościelnego w Warszawie, stwierdza jednoznacznie, iż w Domu Kościelnym znajdzie swoje pomieszczenie, obok innych instytucji, Szkoła Biblijna. Budowa Centralnego Domu Kościelnego została definitywnie zakończona, obecnie nadeszła pora na realizację następnej uchwały Rady Kościoła, dotyczącej otwarcia Szkoły Biblijnej w Warszawie. Główny cel istnienia i działania Szkoły Biblijnej ZKE wyznaczają Słowa nakazu Pańskiego zawarte na kartach Ewangelii: „ldźcie tedy i czyńcie uczniami wszystkie narody”.